Crossing Borders with Shakespeare since 1945
doc. Mgr. Šárka Havlíčková Kysová, Ph.D.
ELIXIR CZ každý pátek organizuje webináře, kde je možnost seznámit s jejich portfoliem nástrojů a služeb. Registrace není požadována: https://global.gotomeeting.com/join/508817845 Webová stránka akcí Záznam ze webinářů je k dispozici na ELIXIR CZ YouTube channel. Červen 4.6.: EnzymeMiner & SoluProt: mining of soluble enzymes 11.6.: IRESs, IRESite and HCVIVdb 18.6.: CaverDock: Analysis of Ligand Transport through Protein Tunnels 25.6.: PrankWeb 4.6.: EnzymeMiner & SoluProt: mining of soluble enzymes 4.6.2021 at 9:30 Jiří Hon from FNUSA-International Clinical Research Center will talk about EnzymeMiner & SoluProt: mining of soluble enzymes We present two integrated bioinformatics tools EnzymeMiner and SoluProt for mining and rational selection of novel soluble enzymes. EnzymeMiner uses one or more enzyme sequences and a description of essential residues to find enzyme family members among millions of uncharacterized protein sequences in the NCBI nr database. SoluProt is a machine-learning method for prediction of soluble protein expression in E. coli integrated in EnzymeMiner for prioritization of search hits. EnzymeMiner and SoluProt help to identify novel putative enzymes and facilitate selection of several expressible targets for experimental characterization. These novel enzymes might have successful applications in biosynthetic pathways for the ecological production or degradation of chemical compounds. 11.6.: IRESs, IRESite and HCVIVdb 11.6.2021 at 9:30 Martin Pospíšek from Charles University will talk aboutIRESs, IRESite and HCVIVdb Our long-term interest in internal ribosome entry sites (IRES) resulted in development of two specialized databases – IRESite presenting information about the known experimentally studied IRESs, their structures and supporting experiments, and HCVIVdb, which is specialised in variants of the hepatitis C virus IRES. We’ll also present a new tool for searching of specific RNA structure in the library of different RNA structures including an attempt to use this tool for finding of IRES-like structures in the human genome.< 18.6.: CaverDock: Analysis of Ligand Transport through Protein Tunnels 18.6.2021 at 9:30 Ondřej Vávra from FNUSA-International Clinical Research Center will talk about CaverDock: Analysis of Ligand Transport through Protein Tunnels Understanding protein-ligand interactions is crucial for drug design and enzyme engineering. The interaction of protein and small ligand molecule often takes place in protein’s binding or active site. Such functional sites may be buried inside the protein core, and thus transport of a ligand needs to be studied. We present CaverDock tool, implementing a novel method for analysis of transport processes. The method is based on modified molecular docking algorithm of AutoDock Vina. The output is ligand’s trajectory and energy profile of the transport process.< 25.6.: PrankWeb 25.6. 2021 at 9:30 Marian Novotný from Charles University will talk about PrankWeb (https://prankweb.cz/) is a tool predicting ligand binding sites on 3D structures using machine learning algorithms. The tool is integrated into the PDBe-KB. We will present both its current state and its future developments.
Sdružení CESNET nabízí svým uživatelům prostřednictvím rámcových smluv uzavřených na základě výsledků projektu OCRE (Open Cloud for Research Environments) cloudové a infrastrukturní služby (IaaS, PaaS, SaaS) významných komerčních poskytovatelů za zvýhodněných podmínek. Ty byly vysoutěženy v rámci panevropského tendru sdružením GÉANT pro léta 2021-2026 s cílem zjednodušit poskytování těchto služeb organizacím v oblasti vědy, výzkumu a vzdělávání. „Kromě jednoduchého pořízení bez nutnosti komplikovaných výběrových řízení získají uživatelé také výrazné slevy a přímý a bezpečný síťový peering prostřednictvím sítí CESNET a GÉANT,“ uvedl k přínosům nabízeného řešení Jan Gruntorád, ředitel sdružení CESNET. Projekt OCRE je finančně podporován Evropskou komisí a je součástí strategie jednotného digitálního trhu (Europe´s Digital Single Market), respektive komisí prosazovaného celoevropského projektu EOSC (Europen Open Science Cloud), evropského cloudu pro otevřenou vědu. CESNET umožní připojeným organizacím čerpat uvedené služby za výhodnějších technických i ekonomických podmínek. V České republice bylo vybráno 12 oprávněných dodavatelů: AWS, CloudFerro, CloudSigma, Exoscale, IBM, Google, MS Azure, T-Systems, Oracle, Orange, Safespring a Setcor. Na každé řešení je k dispozici vždy jeden dodavatel. Koncový uživatel čerpá služby od sdružení CESNET, které je v rámci této veřejné zakázky prostředníkem mezi dodavateli a koncovými uživateli. Více informací: https://www.cesnet.cz/sluzby/geant-iaas/ https://www.ocre-project.eu/services/cloud-suppliers/country/czech-republic
Velká výzkumná infrastruktura Laboratoř pro syntézu a měření materiálů (MGML; Materials Growth & Measurement Laboratory), která působí při Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy a jejíž partnerskou institucí je Fyzikální ústav AV ČR, se stala součástí prestižní sítě evropských laboratoří, zabývajících se výzkumem materiálů v magnetických polích, pod vedením EMFL (European Magnetic Field Laboratory). EMFL sdružuje tři evropské organizace – francouzské Centre national de la recherche scientifique (CNRS), německé Helmholtz-Zentrum Dresded-Rossendorf a nizozemskou Stichting Katholieke Universiteit, které jako jediné v Evropě disponují vybavením umožňujícím dosažení vysokých pulsních i statických magnetických polí. Vysoká magnetická pole představují jednu z významných analytických metod pro studium pokročilých funkčních materiálů, jež jsou potřeba prakticky ve všech zásadních technologických oblastech od energetiky přes informační technologie až po medicínský průmysl. Aplikovaná magnetická pole mohou mít výrazný vliv na vlastnosti látek, měnit jejich magnetický stav a napovídají o interakcích na mikroskopické úrovni. Experimentální vybavení nezbytné pro tento druh výzkumu je však velmi nákladné, a proto je v Evropě koncentrováno jen do několika laboratoří. Významnou část z nich, a také několik komerčních firem, propojil společný evropský vědecký projekt ISABEL (Projekt rámcového programu EU ISABEL, Improving the sustainability of the European Magnetic Field Laboratory). V rámci ISABEL vytvořilo osmnáct evropských institucí představující významná centra výzkumu v oblasti fyziky magnetických polí síť zařízení s primárním zaměřením na rozvoj využití magnetických polí ve výzkumu, jakož i snadnější přístup uživatelům ke svým aparaturám s magnetickým polem. MGML působí v rámci projektu jako jeden z regionálních partnerů. EMFL, která hraje v ISABEL zásadní roli, nedávno představila nový režim duálního přístupu ke svým zařízením. Cílem je významně rozšířit a usnadnit uživatelům přístup k experimentálním zařízením EMFL. Nový režim, zejména v počáteční fázi výzkumných projektů, umožní provádět výzkum v malých a středních magnetických polích s využitím sítě sedmi regionálních partnerů (viz oranžově vyznačení na mapce). V prvním kroku mohou uživetelé využít přístup k výzkumnému vybavení určenému pro malé až střední magnetické pole (regionální partneři), v následujícím kroku, pak přístup k zařízením s možností měření ve vysokých magnetických polích v laboratořích EMFL v Grenoblu, Nijmegenu, Toulouse a Drážďanech. Jedním z regionálních partnerů je i MGML pod hlavičkou Matematicko-fyzikální fakulty UK (na mapce jako UCHA).
ATHENA (Advanced Telescope for High-Energy Astrophysics) je další vlajkovou, velkou misí Vědeckého programu Evropské kosmické agentury (ESA) „L2“, která je v současné době v přípravné fázi. Jedná se o velkou rentgenovou observatoř, která by měla přispět k zodpovězení základních otázek astrofyziky a kosmologie studováním černých děr a hmoty v extrémních podmínkách, vzniku a vývoje galaxií, kup galaxií a velkých galaktických struktur a životního cyklu hmoty a energie. Vypuštění observatoře je aktuálně plánováno na rok 2033. Další český příspěvek do mise Česká účast se oproti dříve schválenému projektu rozšiřuje o další vědecký tým z Astronomického ústavu AV ČR a předpokládá se zapojení dalších českých podniků. Zájmem týmu z Astronomického ústavu AV ČR je zejména rentgenová astrofyzika černých děr a neutronových hvězd, přičemž právě na výzkum obřích černých děr bude zaměřen přístroj WFI (Wide Field Imager), jehož přípravy se budou čeští vědci nově účastnit. Český příspěvek k přístrojovému vybavení mise ATHENA tak bude kromě dříve schváleného příspěvku do přístroje X-IFU spočívat v návrhu, vývoji a dodání galvanického izolačního modulu (GIM) pro elektroniku detektorů experimentu WFI, který společně s X-IFU tvoří hlavní vědecké přístroje mise ATHENA. Díky tomuto příspěvku do vědeckého přístrojového vybavení mise se český vědecký tým stane součástí vědeckého konsorcia mise a bude se tak moci podílet na vědecké přípravě mise a následně bude mít exkluzivní přístup k získaným datům. Financování české účasti roste Nově schválený projekt české účasti na přístrojovém vybavení mise ATHENA bude podpořen v předpokládané výši 1,6 mil. EUR z příspěvku Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy do programu ESA PRODEX. Společně s dříve schváleným projektem tak náklady na českou účast na přístrojovém vybavení mise ATHENA dosáhnou 4,7 mil. EUR. Kromě těchto příspěvků na přístrojovém vybavení mise se ČR bude podílet i na financování samotné mise prostřednictvím Vědeckého programu ESA, který se bude na realizaci mise podílet příspěvkem ve výši 1,3 mld. EUR. V rámci Vědeckého programu ESA se aktuálně nabízí množství dalších příležitostí pro česká pracoviště a podniky. Animace mise ATHENA