Crossing Borders with Shakespeare since 1945
doc. Mgr. Šárka Havlíčková Kysová, Ph.D.
Speciální webové stránky – www.esfri.eu/covid-19 – byly ustaveny a jsou průběžně aktualizovány za účelem zprostředkovávání nabídek zařízení a služeb národních a evropských výzkumných infrastruktur pro vědce, zdravotnický personál a správce zdravotních systémů zápolících s onemocněním Covid-19. Zažíváme zdravotní krizi v posledních desetiletích bezprecedentních rozměrů. Každým dnem jsou tisíce a tisíce Evropanů nakaženy virem SARS-CoV-2 a počet těch, jež onemocnění podlehnou, rychle stoupá. Evropa proto potřebuje koordinovat veškeré své dostupné znalosti a zdroje pro boj s pandemií Covid-19. Koordinované výzkumné aktivity a služby pro vědce, jakož i včasné sdílení dat jsou v tomto ohledu zcela klíčové. Kapacity zprostředkovávané evropskými výzkumnými infrastrukturami pro dosažení znalostního řešení pandemie Covid-19 jsou nesmírně důležité. Jakožto součást opatření vycházejících z evropské úrovně Evropské strategické fórum pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) koordinuje aktivity jak evropských, tak i národních výzkumných infrastruktur směřující k vývoji účinných diagnostických metod, léčebných postupů a očkovacích látek a studiu socioekonomických dopadů provedených mimořádných opatření. ESFRI napomáhá vědecké komunitě sdružováním informací o specificky určených službách výzkumných infrastruktur a sdílí všechny relevantní nabídky s co možná nejširším možným okruhem potenciálních zájemců. Za tímto účelem ESFRI ustavilo speciální webové stránky, které zprostředkovávají odkazy na všechny dostupné nabídky. Tyto webové stránky jsou přitom průběžně aktualizovány a jsou dostupné na adrese www.esfri.eu/covid-19. „Informace, které jsme prozatím sesbírali, ukazují význam a přímý dopad výzkumných infrastruktur na vědce a občanskou společnost, jelikož poskytují příležitost koordinovat naše společné úsilí při střetu s výzvami, kterým aktuálně čelíme.“, poznamenal ve své výzvě evropským výzkumným infrastrukturám předseda ESFRI Jan Hrušák. ESFRI apeluje na všechny národní a evropské výzkumné infrastruktury, aby toto úsilí podpořily a sdílely jakékoliv informace o aktivitách rozvíjených v souvislosti se SARS-CoV-2 / Covid-19 a o poskytovaných službách, a to prostřednictvím speciálně dedikovaných webových stránek ESFRI. Příspěvky mohou být ze strany výzkumných infrastruktur zasílány na adresy elektronické korespondence covid-19@esfri.eu a esfri@ec.europa.eu.
CCP (Czech Centre for Phenogenomics) generates rodent models related to diagnosis, treatment and prevention of the Covid-19 virus infection (e.g. several serine protease mouse mutant lines). Project proposals can be submitted by email to address ccp@phenogenomics.cz. Proposals will be evaluated and conducted with the highest priority. Available resources, services and support * Generation of rodent disease models (knockout, humanized, etc.), relevant for Covid-19 research. In particular, the CCP can offer several serine protease mouse mutant lines (Prss35, Prss12, Prss21, Prss33, Prss55, Prss37, Prss47, Prss54, Prss48, Prss44, Prss57, Klk12, Klk15, Klk11, Klk13, Klk10, Klk8, Klk5). * Standard cryopreservation and archiving services (sperms and embryos) are maintained. * Advanced secondary phenotyping pipelines relevant to lung inflammation and fibrosis (including state-of-the-art imaging, immunology, lung function). * Pre-clinical testing (lung inflammation and fibrosis models – clinical biochemistry and histopathology are conducted under GLP conditions). * Metabolomics and MALDI imaging from tissue samples and biopsies depending on capacities. Contacts General service contact – ccp@phenogenomics.cz Model generation, archiving and distribution – ccp-tam@img.cas.cz Phenotyping and preclinical service – ccp-pm@img.cas.cz CCP is a member of INFRAFRONTIER (European Research Infrastructure for Generation, Phenotyping, Archiving and Distribution of Model Mammalian Genomes) and due to the comprehensive portfolio of its expertise – from the generation of mutant models to its knowledge of and experience with analysing the functions of genes and their mutations – it has also become a member of international consortium IMPC (International Mouse Phenotyping Consortium). CCP is working together with IMPC members on the ambitious goal, which is the description of the functions of all mammalian genes. CCP is currently working also on its entry into the EurOPDX European research infrastructure. Czech Centre for Phenogenomics
RECETOX RI (RECETOX Research Infrastructure) supports the research in the environmental and health sciences. The core facilities include the long-term environmental and population studies, biobanking capacities, chemical and biological labs, as well as extensive environmental and population databases and information systems providing samples, data and services with a high added value. An important part of RECETOX RI activities are the educational and training programmes focused on capacity building and knowledge transfer. RECETOX RI supports implementation of newly accredited study programmes of environmental health sciences and computational biology and biomedicine educating professionals capable of working in the public health sector and contributing to development of public health policies. Teachers, students and alumni of these programmes currently support the Government of Czechia in managing the pandemic outbreak of Covid-19 by analysing, interpreting and modelling the available population data needed for development of population-protecting strategies and IT tools. RECETOX RI is also fighting the pandemic outbreak of Covid-19 by the virtual screening. The in-house software tool CaverDock can be applied for virtual screening of potential drugs against protein targets identified in the context of coronavirus pandemic. CaverDock has been developed during the last four years and is publicly available at website https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/. To the best of knowledge of RECETOX RI team, CaverDock is currently the only tool, which can computationally study the process of binding of inhibitors to protein tunnels and channels and it is sufficiently fast to allow screening of very large libraries of molecules. In this case, RECETOX RI will analyse all the FDA-approved drugs, as well as the experimental drugs, which would allow re-purposing and fast application for the treatment of the patients. Molecular targets will be selected from the structures of viral proteins, as well as human proteins known to interact with the virus. Essential computing power will be provided by the supercomputing centre of Masaryk University and research infrastructure ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information). RECETOX RI is currently coordinating EIRENE (European Environmental Exposure Assessment Network), an emerging ESFRI project to be submitted later this year with a goal of filling the identified gaps in the environmental and health area of the existing ESFRI Roadmap. Implementation of the EIRENE project will contribute to building necessary capacities for a harmonised collection, analysis and interpretation of population health data in Europe in support of future public health strategies. RECETOX Research Infrastructure
Termín pro předkládání návrhů nových projektů evropských výzkumných infrastruktur aplikujících na aktualizaci Cestovní mapy Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury (ESFRI) 2021 byl z důvodu mimořádné situace vyvolané pandemií nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19 prodloužen do dne 9. září 2020. Výzva pro předkládání návrhů projektů je právě aktualizována – bez žádných dalších věcných úprav. ESFRI přijalo výše uvedené rozhodnutí v důsledku krize vyvolané pandemií nového kmene koronaviru SARS-CoV-2 a onemocnění Covid-19, jejích dopadů na každodenní život společnosti, resp. aktuálně limitovaných možností výzkumných organizací za takovýchto okolností efektivně spolupracovat na mezinárodní úrovni. Předkladatelům návrhů projektů je z tohoto důvodu poskytována dostatečná časová dotace k přípravě vysoce kvalitních návrhů projektů. „Musíme zabezpečit, aby za situace, kdy pandemie koronaviru SARS-CoV-2, resp. onemocnění Covid-19 dopadá na naše každodenní životy a výrazně limituje naše pracovní podmínky, měly všechny výzkumné infrastruktury, které připravují návrhy projektů pro aktualizaci Cestovní mapy ESFRI 2021, rovnocenné příležitosti.“, uvedl Jan Hrušák, předseda ESFRI. Prodloužení termínu pro předkládání návrhů nových projektů evropských výzkumných infrastruktur nicméně nemá dopad na ambici publikovat další aktualizaci Cestovní mapy ESFRI na podzim roku 2021. Aktualizovaný časový harmonogram milníků přípravy Cestovní mapy ESFRI 2021 a informace ze strany národních delegací do ESFRI k aplikačnímu procesu jsou připravovány a budou zveřejněny co nejdříve. Současně ESFRI sdružuje informace o specifických aktivitách výzkumných infrastruktur, co se týká jejich služeb nabízených za účelem realizace výzkumných a inovačních projektů adresujících pandemii Covid-19 a jejích dlouhodobých dopadů. Takto sesbírané informace budou brzy zveřejněny na webu ESFRI. Bližší informace o aktualizaci Cestovní mapy ESFRI 2021 jsou k dispozici na webových stránkách ESFRI a prostřednictvím národních delegací států zapojených v ESFRI. V případě jakýchkoliv dotazů neváhejte kontaktovat ESFRI na adrese elektronické korespondence roadmap@str-esfri.eu. Credit: NIAID / CC BY