Crossing Borders with Shakespeare since 1945
doc. Mgr. Šárka Havlíčková Kysová, Ph.D.
Celosvětová pandemie nemoci COVID-19 způsobená novým typem koronaviru SARS-CoV-2 a opatření přijatá státy za účelem omezení jejího šíření mají dalekosáhlé důsledky také pro připravované šetření ESS Round 10. Tato vlna šetření by měla začít na podzim 2020. Vzhledem k současné situaci nicméně nelze očekávat, že sběr dat proběhne podle dosavadních zvyklostí. Hlavní vědecký tým (CST) ESS ERIC (European Social Survey) vydal proto po konzultacích s národními vědeckými týmy, včetně českého národního uzlu ESS-CZ, doporučení, aby začátek sběru dat v zúčastněných zemích nastal až do dne 1. března 2021. Koronavirová krize může také ovlivnit sběr dat metodou osobního (face-to-face) dotazování a mít negativní dopad zejména na výslednou návratnost (response rate). CST a národní týmy proto budou dále spolupracovat na přípravě alternativních metod sběru dat. V úvahu připadá zejména video-rozhovor. CST a národní týmy se také dohodly, že plánovaná výzkumná témata ESS Round 10, kterými jsou Chápání a hodnocení demokracie a Digitální sociální kontakty v pracovním a rodinném životě, doplní také otázkami ke COVID-19. ESS-CZ – Český národní uzel ESS (European Social Survey)
ELIXIR-CZ (Česká národní infrastruktura pro biologická data) poskytuje výzkumnou infrastrukturu pro ukládání, zpracování a analýzu dat v oblasti dat o živé přírodě. Stejně jako ostatní vědecká pracoviště, i ELIXIR-CZ nabízí svou odbornou podporu, služby a expertízu v boji proti koronaviru SARS-CoV-2. Pro zpřehlednění relevantních témat zprovoznil ELIXIR-CZ webovou stránku věnovanou Covid-19, na které může odborná i laická veřejnost nalézt informace o aktivitách spojených s bojem proti Covid-19. Na webových stránkách ELIXIR-CZ lze nalézt doporučení k ukládání a sdílení dat, informace o přístupech k relevantním datům; dále poté ELIXIR-CZ nabízí specificky při řešení problematiky věnované datovým souborům s tématikou Covid-19 i pomoc při nastavení FAIR principů (tj., aby uložená data byla snadno dohledatelná, přístupná, interoperabilní a znovupoužitelná), jakožto i speciální softwarové a analytické nástroje a výpočetní prostředky, které pomohou analyzovat datové sety. V neposlední řadě ELIXIR-CZ sdružuje experty, kteří společně pracují na tématech věnovaných problematice onemocnění Covid-19. ELIXIR-CZ nabídl své služby při vytváření epidemiologického modelu pandemie Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR a zároveň s pomocí partnerských organizací sdružených v rámci celoevropské sítě ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information) zformuloval požadavky na dostupnost relevantních dat pro vytváření takového modelu. ELIXIR-CZ se aktivně zapojil i do výzkumného týmu pod záštitou IDEA při CERGE-EI (Center for Economic Research and Graduate Education – Economics Institute) a podílí se na modelování epidemiologické situace v ČR. Přispívá vyhledáváním a porovnáváním relevantních zdrojů a vědecké literatury a zejména získáváním příkladů dobré praxe od ostatních členů celoevropské sítě ELIXIR, jimiž jsou např. Estonsko, Dánsko či Švýcarsko. ELIXIR-CZ zároveň vstoupil do spolupráce s testovacím centrem při Univerzitě Palackého v Olomouci, jejíž součástí je i velká výzkumná infrastruktura EATRIS-CZ (Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu), jakožto člen celoevropské sítě EATRIS ERIC (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine), a nabídl výpočetní kapacity i architekturu pro zajištění zpracování velkého množství dat spojeného s testováním. Pomoc spočívá v rozšíření výpočetních kapacit serverů pro zpracování dat a rozšíření úložišťové kapacity centra, které pracuje s citlivými daty. ELIXIR-CZ i nadále koordinuje napojení na vědecké portály celoevropské sítě ELIXIR, především v oblasti vyhledávání ověřených technologií pro testování na onemocnění Covid-19 a co se týká zprostředkování kontaktů s testovacími pracovišti. ELIXIR-CZ – Česká národní infrastruktura pro biologická data
CZ-OPENSCREEN (National Infrastructure for Chemical Biology) – Czech node to EU-OPENSCREEN ERIC (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology) – hosted by the Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences, plans to test up to 1,000 samples per day. This goal will be achieved mainly thanks to the specialized instruments used routinely in the high throughput screening of small molecules including washers, robotic liquid handlers and different types of bulk liquid dispensers. Some of these instruments are integrated in the HTS robotic stations. CZ-OPENSCREEN focuses on the identification of new molecular probes and tools for research and validation of compounds suitable for the development of new drugs. Employment of the research infrastructure equipment in the Corona samples testing thus fulfils CZ-OPENSCREEN mission – open access to general scientific community. Tested samples will be coming from regional hospitals, nursing and retirement homes. The team led by Dr Petr Bartůněk optimized RNA isolation using an in-house developed methods for large-scale testing. This in-house method is based on magnetic beads used to isolate RNA. CZ-OPENSCREEN is sharing the know-how of high-throughput workflow for RNA isolation and preparation of RT-qPCR reactions with other academic institutions involved in Covid-19 testing. And the approach to share this methodology will be kept also for the future in case of any other emergency pandemic, which will require immediate reaction. CZ-OPENSCREEN team also developed the internal database CORONAbase. The CORONAbase enables one to register samples and to transform all the appropriate personal data to an electronic version. Each of the samples will be associated with a unique barcode and the database will enable one to track the samples on multiwell plates during the process of RNA isolation and qPCR screening. The qPCR data will be automatically uploaded into the database and analyzed. The CORONAbase will be offered also to other laboratories, which are involved in Covid-19 testing, where it can be used for data management and to improve their testing services and standards. This database can be used in general for any sample management during any future pathogenic outbreak when the non-diagnostic laboratories are again involved. CZ-OPENSCREEN team expects that the involvement in coronavirus testing will increase the number of people tested and society and governmental bodies will get a better idea about the nationwide spread of the virus. CZ-OPENSCREEN – National Infrastructure for Chemical Biology
Epidemie nového druhu koronaviru SARS-CoV-2 a jím způsobeného onemocnění Covid-19 vyvolala po celém světě zdravotní, sociální a ekonomické dopady v posledních desetiletích zcela bezprecedentního rozměru. Opatření zmírňující okamžité dopady této pandemie, jakož i reakce přinášející efektivní řešení výzev touto pandemií vyvolaných, musí být nutně znalostní povahy, tj. založená na datech a poznatcích z těchto dat vyplývajících. Jednu ze stěžejních rolí v tomto kontextu hrají výzkumné infrastruktury, jež vědecké komunitě zpřístupňují nejpokročilejší znalostí, technologické a datové zdroje, které účinný boj se SARS-CoV-2 / Covid-19 vyžadují. Výrazný multiplikační efekt přitom přináší výzkumné infrastruktury mezinárodního rozsahu, charakteru a významu, jež v rámci svých kapacit koncentrují kritické množství zdrojů pro realizaci nejnáročnějších vědeckých experimentů a studií, a tyto zdroje zároveň zpřístupňují svým uživatelům na nadnárodní úrovni umožňující rozsáhlé mezinárodní kolaborace. ČR, jakožto členský stát řady mezinárodních výzkumných infrastruktur, je integrální součástí úsilí, které je celosvětovou výzkumnou komunitou v reakci na pandemii SARS-CoV-2 / Covid-19 rozvíjeno. Ať už se jedná o mezinárodní organizace výzkumu, vývoje a inovací, ustavené na základě mezinárodního práva veřejného, tak o konsorcia evropských výzkumných infrastruktur, založená podle právního rámce EU, ČR vystupuje ve střetu se SARS-CoV-2 / Covid-19 jako aktivní člen vedoucích světových laboratoří. Níže uvedená zařízení poskytují svým uživatelským komunitám svá rozsáhlá experimentální a datová zázemí na bázi otevřeného přístupu, přičemž v nynější situaci, žádající si urychlená znalostní řešení, velmi často i na základě preferenčního přístupu, upřednostňujícího provádění studií souvisejících s pandemií SARS-CoV-2 / Covid-19 před výzkumnými pracemi ostatní povahy. EATRIS-CZ – Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu EATRIS ERIC (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine) a jeho členové včetně EATRIS-CZ (Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu), poskytují výzkumně-infrastrukturní zázemí k vývoji léčiv, vakcín a diagnostik, a to až k úrovním tzv. „prvního podání u člověka“ a jejich klinickému ověření „proof-of-concept“. EATRIS ERIC je partnerem v rámci projektu TRANSVAC-2 financovaného EU, který urychluje vývoj vakcín proti SARS-CoV-2. ECRIN-ERIC (European Clinical Research Infrastructure Network) ve spolupráci se svými národními partnery, mezi které náleží také CZECRIN (Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu), ustavil pracovní skupinu COVID-19, jež se věnuje zrychlenému postupu pro poskytování služeb v oblasti klinických studií souvisejících s onemocněním Covid-19. BBMRI-ERIC (Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium) a členské národní uzly, včetně BBMRI-CZ (Banka klinických vzorků), poskytují specifické informace o zdrojích, které mohou zpřístupnit vědcům z akademického prostředí i ze soukromého sektoru pracujícím na vývoji vakcín a léčiv SARS-CoV-2 / Covid-19. Síť více než 600 bio-bank sdružených v rámci BBMRI-ERIC poskytuje vědcům v tomto ohledu naprosto klíčové služby. EATRIS ERIC, ECRIN-ERIC a BBMRI-ERIC ustavily společnou platformu COVID-19 Fast Response Service, jako vzájemně koordinovanou proceduru pro výzkumné pracovníky k získání urychleného přístupu k akademickým zařízením, službám a zdrojům těchto tří výzkumných infrastruktur, které spolupracují i pod záštitou aliance AMRI (Alliance of Medical Research Infrastructures). CZECRIN – Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu EU-OPENSCREEN ERIC (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology) se aktivně podílí na řadě aktivit zaměřených na studium koronaviru SARS-CoV-2, identifikaci léčiv onemocnění Covid-19 a vývoje diagnostiky. EU-OPENSCREEN ERIC a Evropská chemicko‑biologická databáze, provozovaná CZ‑OPENSCREEN (Národní infrastruktura pro chemickou biologii), jsou pak i partnery návrhu projektu EUROCOVID k podpoře z rámcového programu Horizontu 2020. Euro-BioImaging ERIC (European Research Infrastructure for Imaging Technologies in Biological and Biomedical Sciences) a její český uzel Czech-BioImaging (Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování) poskytují zobrazovací technologie k realizaci biologického a lékařského výzkumu. Podrobné informace o službách poskytovaných v reakci na pandemii onemocnění Covid-19 zveřejnil Euro-BioImaging ERIC na vyhrazené webové stránce. Instruct-ERIC (Integrated Structural Biology European Research Infrastructure Consortium), jehož součástí je rovněž CIISB (Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii), zveřejnil katalog instrumentace podporující výzkum SARS-CoV-2 / Covid-19. Řada služeb Instruct-ERIC je dostupná přes vzdálený přístup bez nutnosti doručit vzorky k analýze osobně. Bližší informace jsou k dispozici na webovém portálu Instruct-ERIC Covid-19 Resource Centre. ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information), jehož českým partnerem je ELIXIR-CZ (Česká národní infrastruktura pro biologická data) v souvislosti s pandemií SARS-CoV-2 ustavil informační webovou stránku o podporovaných servisech. Případné související dotazy lze adresovat na lauer@elixir-europe.org. CIISB – Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii EMBL (European Molecular Biology Laboratory) již od prosince 2019 shromažďuje a zpracovává data týkající se viru SARS-CoV-2. Přes svoji bio-informatickou pobočku EMBL-EBI, která je zároveň největším evropským úložištěm molekulárně-biologických dat, pak EMBL vytvořila specializovanou webovou stránku, která pomáhá ukládat a sdílet data o viru SARS-CoV-2 do dalších molekulárních databází. Vědci mohou získat podporu před odesláním svých dat na virus-dataflow@ebi.ac.uk. Jakékoliv dotazy týkající se tohoto tématu lze adresovat na contact@virusresource.embl.org. CERN (European Organisation for Nuclear Research) ustanovila zvláštní pracovní výbor posuzující možnosti využití technologií a kompetencí CERN ke globálnímu úsilí v boji s Covid-19. Návrhy pro tuto skupinu mohou být zasílány na adresu covid@cern.ch. Další informace jsou dostupné na webových stránkách CERN. ESA (European Space Agency) vyhlásila 2 nové iniciativy zaměřené na porozumění dopadů nemoci Covid-19 na společnost, ekonomiku a životní prostředí. Jedna z nových výzev je součástí elementu „Věda pro společnost“ programu ESA na pozorování Země. Kromě této výzvy ESA ve spolupráci s Evropskou komisí spustila i zvláštní díl soutěže “Custom Script Contest”, zaměřené převážně na využití dat z družic Sentinel. Soutěž je zaměřena pro experty v oblasti dálkového průzkumu Země, strojového učení i odbornou veřejnost, jež mohou předkládat návrhy, jak by družicová data mohla přispět ke zmírnění dopadů pandemie v ekonomických sektorech, jakými jsou průmysl, obchod, doprava či zemědělství, ale je otevřena rovněž pro jiné nápady. Vzdělávací sekce ESA spustila portál Expedice: Doma, jež má dětem a rodičům pomoci s domácím učením a se zábavou s využitím témat z kosmonautiky. CESSDA ERIC (Consortium of European Social Science Data Archives), ve kterém je ČR zastoupena skrze CSDA (Český sociálněvědní datový archiv), podporuje Průzkum pracovního života CORONA, organizovaný Nadací WageIndicator. Průzkum se věnuje mapování změn životních a pracovních podmínek vyvolaných pandemií v 110 zemích světa. CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure), jehož se v roli českého uzlu účastní LINDAT/CLARIAH-CZ (Digitální výzkumná infrastruktura pro jazykové technologie, umění a humanitní vědy), pak poskytuje nadaci Wagelndicator pro tento průzkum hostitelskou platformu. EMBL – Evropská laboratoř molekulární biologie